מכון אבולעפיה יפעל להכשרת דור חדש של מטפלים שידע לשלב בין שיטות עבודה מוכרות ובעלות תוקף מדעי מעולם הטיפול הרגשי, לבין תוכן יהודי עמוק הלקוח מאוצרות החוכמה היהודית.
תכניות הלימודים יעסקו בהכשרת מטפלים רגשיים להתבוננות הוליסטית, כך שידעו לבסס את הרפואה המונעת כגורם מרכזי בתוך קשר טיפולי.
המכון יקדם מענה משמעותי לחוסר הקיים כיום בחברה בתחום הסיוע הנפשי. כמו כן המכון יפעל להגדלת זמינות הסיוע הנפשי עבור כל מי שזקוק לכך, בעלות שווה לכל נפש. מכון אבולעפיה יקדם תכנית לרפואה נפשית מונעת במערכת החינוך- מגיל הגן ועד לתיכון.