אחת המטרות המרכזיות של מכון אבולעפיה היא להעמיד דור חדש של מטפלים. מטפלים שלומדים במכון שהתפיסה של פסיכותרפיה יהודית מושתתת דווקא על שלילת אדמו"רות בטיפול. היא מונעת מדה-דוגמטיזציה של הטיפול. במכון לומדים מגוון רחב של שיטות טיפול ומתרגלים כיצד לשלב ביניהן לטיפול מיטבי. הפסיכותרפיה היהודית אינה שוללת את השיטות הקיימות, היא מכילה אותן ומוסיפה להן עומק, הנשען על מקורות היהדות.
במהלך שנות עבודתו כפסיכיאטר ילדים ונוער, פיתח ד"ר אבולעפיה את תפיסתו הטיפולית הייחודית, שאותה הוא תמך בשורה ארוכה של ספרים פרי עטו.
המכון מבקש להגדיל את אוצר הידע והתובנות בתחומי הטיפול הפסיכותרפי בכלל והפסיכותרפיה היהודית בפרט. השאיפה היא לקיים מחקרים שיספקו ניתוח מדעי לגבי התרומה המכרעת שיש לפסיכותרפיה היהודית על אישיותו של המטפל ועל איכות הטיפול.
מכון אבולעפיה שואף להגביר את המודעות הציבורית לשיטות העבודה המתקדמות של פסיכותרפיה יהודית. הרצון להגיע לעוד ועוד קהלים טומן בחובו שתי מטרות שונות:
1. להניע עוד ועוד אנשי מקצוע מתחומי הטיפול להתמחות בשיטה האינטגרטיבית הנלמדת במכון.
2. להגביר את הביקוש לטיפול פסיכותרפיסטי בשיטת הפסיכותרפיה היהודית. אנשים המחפשים מזור לנפש, צריכים לשמוע על השיטה ולדעת שהיא עשויה להוות מבחינתם פריצת דרך ליציאה ממשבר ולהשגת איזון נפשי.
